Sicuramente dietro Pain c'è Nagato, ma c'è da ricordare che jiraja aveva capito chi era e ha lasciato un messaggio per naruto, dicendo che nessuno dei 6 corpi era il vero Pain, ed infatti tutti i 6 corpi sono immortali.... solo uccidendo il vero corpo di Pain le 6 "copie" controllatu dal Rin'negan ritorneranno alla loro forma normale.( sono tutti cadaveri "fatti risuscitare" da Nagato). Con cio' si puo' escludere che uno de 6 corpi sia l'originale. Madara non è sicuramente Pain anche perchè abbiamo visto negli ultimi capitoli che ha lo sharingan( quando ha parlato a sasuke). Quindi l'unico rimasto è l'insospettabile Zetstu.Pain quando lo incarica di sorvegliare il luogo vicino a dove stanno estraendo Shukaku dice: "Usa il massimo raggio possibile" ...Forse lui ha il Rin'negan ed è lui la vera forma di Pain. Naturalmente quella è solo una copertura e non è quello il suo vero corpo.
Quasi sicuramente Madara è il 2° insegnante di Nagato perchè entrambi sanno usare la Tecnica di confinamento: Sigillo dei Nove Draghi ..come abbiamo visto pain non era presente al confinamento dell'8 code tuttavia è stata eseguita tale tecnica in presenza di madara anche se poi si è rivelato un falso( il corpo dell'8code).Per concludere Il vero corpo di pain è o Zetsu o un corpo che non è stato ancora rivelato nel manga e che scopriremo successivamente....o ancora potrebbe essere confinato nell'interno di uno dei 6 corpi "copia" anche se sarebbe una contraddizione di jiraya . Insomma è ancora presto per fare delle ipotesi,ma credo che il segreto di pain si riuscirà a comprendere nella sfida tra quest'ultimo e Naruto. Mentre per quanto riguarda madara credo che ormai sappiamo quasi tutto e molto probabilmente verrà ucciso da Sasuke che difenderà Konoha.